La ANUIES tiene los objetivos siguientes:
I. Realizar estudios estratégicos sobre temas de educación superior, ciencia, tecnología e innovación para diseñar políticas, anticipar, planear, promover los cambios y sustentar la toma de decisiones;
II. Participar en las instancias nacionales, estatales y regionales de coordinación y planeación de la educación superior, ciencia, tecnología e innovación;
III. Aportar soluciones a los problemas de la educación superior, ciencia, tecnología e innovación y dar opciones para su desarrollo con calidad en los ámbitos internacional, nacional, regional y estatal, especialmente en lo que concierne a modelos, métodos y procedimientos para su planeación y evaluación;
IV. Representar los intereses académicos de las asociadas en los términos de este Estatuto para procurar su desarrollo integral equilibrado y armónico;
V. Representar a las instituciones asociadas, a solicitud de las mismas, en gestiones o actividades relacionadas con sus funciones;
VI. Promover proyectos y actividades interinstitucionales que propicien la convergencia de intereses de las instituciones asociadas, en los ámbitos internacional, nacional, regional y estatal, en cumplimiento de los fines que señala el presente Estatuto;
VII. Organizar y operar servicios y apoyos técnicos para las asociadas, siempre y cuando las asociadas cumplan los requisitos de este Estatuto;
VIII. Impulsar la superación académica, capacitación y actualización del personal de las asociadas en áreas de desarrollo de la educación superior, ciencia, tecnología e innovación y de la gestión académica y administrativa, siempre y cuando las asociadas cumplan los requisitos de este Estatuto;
IX. Fomentar la movilidad internacional, nacional, regional y estatal de personal académico o especializado de servicios entre las asociadas, siempre y cuando las asociadas cumplan los requisitos de este Estatuto;
X. Promover el intercambio de información, materiales y publicaciones entre las asociadas y las que realicen labores afines a la ANUIES para mejorar la comunicación y desarrollar tareas comunes, siempre y cuando las asociadas cumplan los requisitos de este Estatuto;
XI. Promover relaciones con las asociaciones de escuelas y facultades, colegios de profesionales y otras asociaciones académicas, científicas, técnicas y culturales, siempre y cuando las asociadas cumplan los requisitos de este Estatuto;
XII. Establecer mecanismos de comunicación y, en su caso, celebrar convenios con organizaciones locales, regionales, nacionales o internacionales de los sectores público, privado y social que persigan objetivos similares, conexos o complementarios a los de la ANUIES;
XIII. Coadyuvar en la consolidación y articulación de los sistemas nacional y estatales de educación superior y de ciencia, tecnología e innovación en los Estados Unidos Mexicanos y en los sistemas de planeación que lo sustentan;
XIV. Recopilar, procesar y proporcionar información estadística sobre el sistema de educación superior para sustentar la toma de decisiones;
XV. Fomentar el intercambio de experiencias para mejorar el desarrollo interinstitucional;
XVI. Analizar problemas relacionados con la organización, administración y financiamiento de las asociadas;
XVII. Apoyar a las asociadas en el diseño de programas de fortalecimiento institucional en la localización de fuentes de financiamiento para realizarlos, siempre y cuando las asociadas cumplan los requisitos de este Estatuto;
XVIII. Impulsar la creación y fortalecimiento de organismos dedicados a la evaluación y acreditación de programas académicos, de instituciones y a la certificación profesional siempre y cuando las asociadas cumplan los requisitos de este Estatuto;
XIX. Impulsar la creación de organizaciones, instituciones y centros que contribuyan al desarrollo de la educación superior, ciencia, tecnología e innovación, de los cuales la ANUIES formará parte integrante de los órganos de gobierno;
XX. Cooperar con organismos nacionales e internacionales en el establecimiento de proyectos y programas conjuntos que fortalezcan las actividades de las asociadas;
XXI. Otorgar premios y reconocimientos a quienes contribuyan al impulso y consecución del objeto institucional.